In der nahen Zukunft hat das Heilige Britannische Reich Japan überfallen und dank überlegener Technik im Handstreich erobert. Das besetzte Japan existiert fortan nur noch unter dem Namen "Area 11". Der junge Britannier Lelouch wird in den Freiheitskampf der Japaner verwickelt. Er erbeutet ein "Knightmare Frame", einen britannischen Kampfroboter, rettet eine mysteriöse Frau aus der Gefangenschaft und erhält von ihr eine mystische und tödliche Fähigkeit, das Geass. Als maskierter Freiheitskämpfer Zero wird er zu einem Symbol der Rebellion ...

Ein Jahr zog nach Zeros Niederlage ins Land, er lebt gespeist mit falschen Erinnerungen zusammen mit Rolo, einem Attentäter, der ein Geass besitzt, welches das subjektive Zeitempfinden anhalten kann und der mithilfe von falschen Erinnerungen Nunnallys Platz einnahm, Shirley, Millay, Rivalz und den anderen ein friedliches Studentenleben. Bei seinen Glücksspielen kommt er auch in den Babel Tower, in dem er in die Fänge der überlebenden Schwarzen Ritter gerät, die von Kallen, seiner Elitekämpferin, Urabe, dem letzten Überbleibsel der Japanbefreiungsfront und C.C., angeführt werden. C.C erweckt sein früheres Ich wieder, gibt ihm seine Erinnerungen und sein Geass wieder, das sein Vater einst versiegelte. Er muss jedoch sein gefälschtes Leben weiterführen, da Nunnally von seinem Vater als Geisel gehalten wird, und er verbündet sich des Weiteren mit Rolo und macht ihm Glauben, dass sie als Brüder eine Zukunft als freie Menschen hätten, obwohl er ihn lediglich als Werkzeug benutzt. Im Fortlauf gelingt es „Zero“ sich und seine Anhänger aus Japan verbannen zu lassen, einen Krieg mit dem Chinesischen Führungsmächten zu beginnen der eine Revolution und die Gründung der Vereinten Föderation der Nationen die dem Heiligen Britannischem Reich den Krieg erklärt.