El ex-policía Miguel Palacios ingresa como convicto en la prisión de San Onofre con una identidad falsa y una causa inventada. Dentro de la cárcel será Pastor Peña. Su misión es infiltrarse dentro de una banda mixta de presos y carceleros que opera desde adentro del penal. El grupo acaba de secuestrar a la hija adolescente del importante Juez de la Nación Lunati, y, por lo tanto, la misión de Miguel consiste en hallar a los captores y descubrir el paradero de la chica. Tras descubrir que se encuentra cautiva en un área de la cárcel y lograr su liberación, Miguel es traicionado y queda tras las rejas como un reo más. Sin testigos que conozcan su verdadera identidad y rodeado por los peores delincuentes y asesinos, Miguel pronto comprenderá que sólo escapando puede salvar su vida y recuperar su nombre.

La precuela de la aclamada primera temporada contará la llegada de los Borges a la prisión y el complot que armará Antín para arrebatarle el control al Sapo.

Los hermanos Borges han consolidado su poder en el penal de San Onofre y ahora necesitan tramar un plan para recaudar mucho dinero rápido porque tienen una posibilidad de “comprar” su libertad. A pedido de Antín, los Borges deben proteger a un interno recién llegado, hijo de un empresario poderoso. Emma lidia con los traumas que el motín le dejó y los jóvenes de la Sub 21 intentan destronar a los Borges; para ello, tejen alianzas con un preso ex boxeador y con Pantera. El Marginal 3 centrará en dos años después del "motín de las palomas", que se vió en la segunda temporada, y un año antes del secuestro de Luna Lunati, que sucedió en la primera.