En la segunda temporada, Billy y sus aliados se enfrentan a su viejo amigo Jesse Evans y a los poderes corruptos del Círculo de Santa Fe. Tras un tiroteo, el conflicto estalla en la sangrienta Guerra del Condado de Lincoln. En medio de la lucha, Billy luchará por aferrarse a su alma y al amor de su vida.

Tras el fin de la Guerra del Condado de Lincoln, tanto Billy el Niño como el sheriff Pat Garrett tienen asuntos importantes que resolver: se avecina un ajuste de cuentas. Billy sigue en libertad y Garrett está decidido a capturarlo, vivo o muerto. Con una recompensa por su cabeza, Billy tiene la oportunidad de abandonar Nuevo México y buscar un futuro junto a Dulcinea, el amor de su vida. Pero tiene asuntos pendientes con Garrett, quien lo ha traicionado, y decide quedarse. Mientras tanto, Jesse Evans, amigo, rival y enemigo de Billy desde hace mucho tiempo, también permanece en Lincoln, buscando un nuevo propósito y tal vez la expiación de sus pecados. A medida que la saga llega a su fin, Billy luchará con uñas y dientes para intentar encontrar por fin la justicia que tanto tiempo le ha eludido, aunque eso signifique morir en el intento.