Es la era de la Iluminación y al mismo tiempo, de abusos, guerras y depravación. El centro del orden mundial es el Vaticano, intermediario en los conflictos de poder de los Reinos e Imperios de la época. Y en el Vaticano, un ambicioso e inescrupuloso hombre se convierte en Papa: Rodrigo Borgia. Su nombre pasó a la historia como sinónimo de decadencia y su Papado será recordado como uno de los capítulos más infames de la historia de la Iglesia Católica.

Tras el asesinato de Juan, el poder de Rodrigo se debilita. Una nueva y poderosa fuerza llevará la lucha en su nombre, César, que se convertirá en El Príncipe, un feroz e implacable guerrero al que retrata Maquiavelo en su obra. Fría y metódicamente, César lleva a cabo su deseo de gobernar Italia llevando la destrucción a la península y a su propia familia. Al igual que su padre, César desea reformar la Iglesia Católica Romana, pero sus esfuerzos están condenados al fracaso debido a la corrupción dentro del Vaticano y a sus propias debilidades y deseos. Por su parte, Lucrecia, que ha maquinado el asesinato de Juan y ha sido testigo de la muerte de su amante Perotto a manos de César, lucha por lograr la paz de espíritu que nunca ha alcanzado. La dulce e inuenciable joven se ha convertido en la mano derecha de su padre que llega a nombrarla su sustituta mientras se ausenta de Roma. Lucrecia no duda en sentarse, incluso, en el trono papal.

En esta apasionante tercera y última temporada, se revela el destino de la familia Borgia. Mientras gobernaba Roma en ausencia del Papa, la empatía de Lucrczia la ha hecho popular entre los cardenales y los ciudadanos por igual, pero ahora Rodrigo, el Papa Alejandro VI, ha regresado y tiene poca paciencia con los problemas de su hija...