Gonzalo de Montalvo, maestro de escuela, se transforma en el personaje denominado "Águila Roja" (miembro de la Orden de los Asesinos, ingresó durante sus viajes por Oriente y el mundo árabe, que tienen su origen en el antiguo Imperio persa, como espías y protectires del Gran Rey, siendo su símbolo el águila zoroastrica) para descubrir quién mató a su esposa Cristina y vengar su muerte, lo que implica desbaratar las conspiraciones contra la Monarquía Hispánica corona de los Austrias por parte de una sociedad secreta, La Logia, a la que pertenecen Hernán Mejías (El Comisario de la Villa) y Lucrecia, marquesa de Santillana. Para ello contará con la ayuda de Saturno, su fiel criado (a quién sacó de la prisión de la Villa), y de Agustín, un misterioso fraile que lleva cuidando de él desde la "supuesta" muerte de sus padres. Al final de esta temporada, Águila Roja descubre que el asesino de su mujer es El Comisario. Estos se baten a muerte y es Águila Roja quién consigue desarmar y dejar inconsciente al Comisario. Cuando le va a asestar el golpe mortal a Hernán, aparece Agustín, diciéndole que El Comisario es su hermano. Ante ese panorama, Águila Roja envaina la espada, siendo incapaz de matarlo.

Ante la profunda revelación que Agustín le hace a Gonzalo, diciéndole que El Comisario es su hermano, Águila Roja indagará sobre su pasado valiéndose de la ayuda de su fiel criado y escudero Saturno García "Satur" (quien es ya prácticamente de la familia), sin descuidar sus obligaciones de padre y de defensor del pueblo. Crea un tipo de árbol genealógico en el que escribe los nombres de sus familiares. Para su alegría, el esquema de su familia poco a poco empieza a completarse.

Águila Roja seguirá adelante con sus investigaciones para averiguar sus orígenes con la ayuda de Saturno García "Satur", quien le convence para que siga indagando cuando Gonzalo está a punto de rendirse en la búsqueda de su pasado. Mientras, Hernán se casará con Irene, que, a pesar de no saberlo, es su hermana. De hecho, solo el espectador sabe que Irene es la hermana de Gonzalo y Hernán. Ella, por tanto, tampoco sabe nada, y se considera sobrina del Cardenal Mendoza. Mientras tanto, Lucrecia verá en peligro su vida, y encima, perderá a su hijo Nuño y su palacio, que posteriormente recuperará. Por otra parte, se muestra el lado más humano de Lucrecia y Hernán.

Comienza a organizarse la boda de Juan y Eugenia con Margarita ajena al enlace. Mariana consigue escapar de donde la tenían retenida y pasa a vivir con Gonzalo, ante la incredulidad de Alonso y Margarita, quienes piensan que ha olvidado a Cristina, su fallecida mujer. Alonso empieza por esto a revelarse contra la autoridad de su padre, pero éste se mantiene callado al no poder revelar su identidad. En una casualidad, Saturno recibe la noticia de que es hijo de un duque, pero finalmente resulta que es hijo de uno de sus criados. El Cardenal Mendoza intenta por todos los medios ser el siguiente Sumo Pontífice. También se desvelará al espectador parte del pasado de Gonzalo, cuando conoció a un famoso pirata, al aparecer las figuras de Mariana y Richard Blake. Por otro lado, el Cardenal Mendoza empezará también la búsqueda de El Santo Grial. Esta temporada finaliza con un comisario que ha perdido la vista y con la sustitución de dicho cargo, que muere por el ataque de una pantera.

El comisario se somete a su delicada operación y recupera la vista, entre lo que su mujer Irene empieza a quitarse la venda de los ojos con su tío y a tomar decisiones por sí misma. Gonzalo y Sátur descubre que han tenido en casa el Santo Grial, que les lleva a unas termas romanas y a un supuesto tesoro codiciado por Sátur. Este se enfrenta al pasado reviviendo su estancia en el hospicio y el remordimiento de que un niño hubiese muerto bajo tierra por su culpa. Además, la Marquesa de Santillana protagoniza un escándalo promovido por la Reina que hará que sea calumniada y rechazada por la nobleza y por su propio hijo, que se avergonzará de ella, por lo que tratará por medio del matrimonio de limpiar su nombre. A causa de todo esto, Margarita termina en la hoguera denunciada por practicar brujería, pero logra salir de estas. La Marquesa además esconde que está embarazada, algo que no piensa permitir que se sepa. Mariana se confiesa aún enamorada de Gonzalo y lo besa delante de Margarita. Juan debe casarse con una noble que le ha buscado el Rey. Laura de Montigñac consigue entrar en el Palacio real para acabar con el infante heredero del trono en venganza por haber sufrido la pérdida de sus hijos por culpa del Rey; la Reina hará todo lo posible para que la corona perdure y no tener que recurrir a ningún bastardo del Rey. Llega a la villa Sagrario de Castro y su hijo Jacobo, el 'verdadero' marqués de Santillana, relegando a un humillante segundo plano a Nuño; este e Irene comienzan una relación prohibida. Mariana es capturada por el comisario, el cual, para que confiese el paradero del tesoro de su marido, se la entregará a sus hombres que la torturan y violan salvajemente. Reaparece Richard Blake, terminando así con la presencia de los piratas. Catalina y Cipri continuarán con su romance (no tan oculto ya) y Gonzalo se propondrá seriamente pedirle matrimonio a Margarita. Además, alguien descubrirá la identidad del héroe, que continua investigando su pasado, relacionándolo con el Santo Grial.

Las grabaciones de los capítulos de esta temporada se realizaron antes de la emisión de la quinta temporada con un recorte del 16% en el presupuesto. Se emitió un avance de 4 minutos en el final del último capítulo de la quinta temporada, que terminó el 21 de noviembre de 2013. En esta próxima temporada podremos ver arqueros, serpientes, nuevos personajes, el regreso de Lucrecia, el acercamiento de Gonzalo y Margarita fundido en un beso.4​ Antes del estreno de esta ya se empezó a rodar la séptima temporada.

David Janer confirmó, a través de un encuentro digital5​ celebrado con motivo del estreno de la segunda mitad de la quinta temporada de la serie, que la séptima tanda comenzaría a rodarse tras el final de la actual y, según leyó en los primeros libretos, que se avecinarían muchas sorpresas. Más tarde se confirmó que el héroe lucharía en el mar, entre otras aventuras y que la temporada estaría compuesta por 13 capítulos. Globomedia empezó a rodar esta temporada el 25 de noviembre de 2013. En esta temporada vemos el seguimiento de la historia del sucesor de Cristo, un Comisario relegado de su cargo, una Margarita indecisa por sus sentimientos, y un doble del Águila Roja, buscando venganza. Aunque hay que destacar como dato que es la temporada con la cantidad de audiencia más baja de todas las temporadas de la serie.

Hay nuevas caras y actrices y es una temporada llena de sorpresas, entre ellas la muerte de un personaje muy querido. En esta temporada Gonzalo de Montalvo (David Janer) y Margarita Hernando (Inma Cuesta) tienen más acercamiento y cada vez más demuestran su amor, mientras por el otro lado Hernán Mejías (Francis Lorenzo) y La Marquesa de Santillana (Myriam Gallego) tienen más complicaciones.

Después de siete años en antena las aventuras de Águila Roja llegan a su fin con el estreno de la última temporada de la serie, con la ausencia de Margarita (Inma Cuesta) y con la incorporación de personajes nuevos (Jorge Sanz, Tina Sainz, Manuel Manquiña y María Pedroviejo). La novena temporada arranca con un Gonzalo (David Janer) triste, atormentado y frustrado por las muertes de su mujer Cristina (Bárbara Lennie), su madre Laura de Montignac (Julia Gutiérrez Caba) y por la huida de Margarita, por lo que decide vender su casa y mudarse con Sátur (Javier Gutiérrez), Alonso (Guillermo Campra) y Cipri (Santiago Molero) a Sevilla, pero la revelación de que es hijo del Rey de las Españas hace que vuelva a la villa y que aflore la venganza en su interior.