Chise Hatori, une jeune fille japonaise de 15 ans, a été vendue aux enchères pour cinq millions de livres à un grand monsieur masqué. Abandonnée très jeune et ridiculisée par ses pairs pour son comportement non conventionnel, elle était prête à se donner à n'importe quel acheteur si cela signifiait avoir un endroit où rentrer. Enchaînée et en route vers un destin inconnu, elle entend des murmures d'hommes en robe sur son chemin, bavardant et se plaignant qu'un tel acheteur a mis la main sur un rare Sleigh Beggy. Ignorant les murmures, l'homme mystérieux conduit la jeune fille dans un bureau, où il se révèle être Elias Ainsworth, un mage. Après une brève confrontation et un peu de magie de téléportation, les deux ouvrent les yeux sur le cottage pittoresque d'Elias dans l'Angleterre rurale. Accueillie par des fées et entourée d'êtres étranges et merveilleux à son arrivée, ces événements marquent le début de l'histoire de Chise en tant qu'apprentie et épouse supposée de l'ancien mage.

Chise a pu accepter Elias et elle-même, même si elle n'a pas forcément tout compris de sa situation. Après que Cartaphilus soit tombé dans un sommeil qui ne durera pas éternellement, Chise a pu retourner à sa vie normale. Puis, Chise est invitée à s'inscrire au Collège, une prestigieuse institution d'apprentissage pour sorciers, pour examiner et chercher un moyen de lever les malédictions qu'elle porte. Malgré la réticence de son fiancé, Elias Ainsworth, Chise accepte la proposition, car elle pense que fréquenter l'école pourrait l'aider à minimiser ses tendances à se sacrifier. Dès le départ, Chise attire l'attention de ses camarades de classe et de ses professeurs, qui n'ont jamais vu un mage en action auparavant. Cependant, un complot sinistre se prépare dans le dos du Collège, et la jeune mage devra déterminer qui est ami ou ennemi afin d'y mettre un terme.