Nella seconda stagione, Billy e i suoi alleati si scontrano con il suo più vecchio amico Jesse Evans e i poteri corrotti del Santa Fe Ring. Quando vengono sparati dei colpi, il conflitto sfocia nella sanguinosa Guerra della Contea di Lincoln. In mezzo ai combattimenti, Billy farà fatica a restare aggrappato alla sua anima e all'amore della sua vita.

Dopo la fine della guerra della contea di Lincoln, mentre sia Billy the Kid che lo sceriffo Pat Garrett hanno questioni importanti da risolvere, la resa dei conti è alle porte. Billy è ancora in libertà e Garrett è intenzionato a catturarlo, vivo o morto. E con una taglia sulla sua testa, Billy ha l'opportunità di abbandonare definitivamente il New Mexico e di intraprendere un futuro con Dulcinea, l'amore della sua vita. Ma ha un conto in sospeso con Garrett, che lo ha tradito, e decide di rimanere. Nel frattempo, Jesse Evans, amico, rivale e nemico di lunga data di Billy, rimane a Lincoln, alla ricerca di un nuovo scopo e forse dell'espiazione per i suoi peccati. Mentre la saga volge al termine, Billy combatterà con tutte le sue forze per trovare finalmente la giustizia che gli è sfuggita a lungo, anche se questo significa morire nel tentativo.