Bloom è una liceale di 16 anni che vive a Gardenia, una piccola città della Terra, con il padre Mike, un pompiere, la madre Vanessa, una fioraia, più il piccolo coniglio domestico Kiko. La vita da normale adolescente della fanciulla muta totalmente all'incontro nel parco con Stella, Fata del Sole e della Luna, giunta sulla Terra per sfuggire dalle grinfie di un orco, Knut. La terrestre, tentando di soccorrere la ragazza, libera un potere magico di cui era ignara; Bloom, infatti, è ciò che sogna di essere da sempre: una fata. Stella le propone di iscriversi al miglior college per aspiranti fate di Alfea, a Magix, già frequentato da lei. La giovane fata accetta e, dopo aver ottenuto il permesso dai genitori, si trasferisce nel collegio di Alfea, nella Dimensione Magica, dove incontra coloro che, insieme a Stella, diventeranno le sue più grandi amiche: Flora, Fata della Natura, Tecna, Fata della Tecnologia, Musa, Fata della Musica. Il gruppo di studentesse prenderà il nome di Winx Club. Le cinque fate incontrano Sky, Brandon, Timmy e Riven, gli Specialisti, un gruppo di giovani guerrieri, studenti di Fonterossa, che diventano rispettivamente l'interesse amoroso di Bloom, Stella, Tecna e Musa. Le cinque fanciulle, inoltre, si ritrovano ben presto ad affrontare le pericolose Icy, Darcy e Stormy, le cosiddette Trix, un trio di streghe studentesse di Torrenuvola, alla ricerca della Fiamma del Drago, la sorgente di energia con cui il mistico Grande Drago generò l'intero Universo. Le tre streghe, inizialmente, prendono di mira il prezioso anello-scettro di Stella, ma durante una prova scolastica, le Trix attaccano l'indifeso Kiko, provocando l'ira di Bloom, la quale libera un misterioso potere magico che si rivela essere proprio quello cercato da tempo dalle tre streghe. La protagonista, quindi, apprende di essere l'ultima erede al trono di Domino, un regno ridotto ad una gelata landa deserta dalle Tre Streghe Antenate, 16 anni fa, intente a rubare la Fiamma del Drago dell'allora bambina Bloom. La piccola fata fu salvata grazie all'intervento della sorella maggiore Daphne, la quale, prima di perire, trasferì la bambina sulla Terra, precisamente a Gardenia, dove fu ritrovata da Mike che, insieme a Vanessa, adottò la speciale bambina. Le malefiche Trix, intenzionate a proseguire la missione iniziata dalle Tre Streghe Antenate e governare così l'Universo grazie alla Fiamma del Drago, cercano di portarla via a Bloom, attaccando i genitori adottivi della ragazza, la quale, indebolita, permette loro di impossessarsi del potere magico. Le giovani streghe, divenute invincibili, prendono possesso di Torrenuvola ed evocano la terribile Armata Oscura, assoggettando a loro l'intero mondo di Magix. Bloom, quindi, giunge nelle profondità di Roccaluce, chiamata dal fantasma di Daphne, la quale le mostra, tramite una visione, che i poteri magici, così come i ricordi dell'infanzia, non possono esserle sottratti, perché le appartengono indissolubilmente e soltanto lei è in grado di gestirli. L'aspirante fata, ritrovata la fiducia in se stessa, è pronta ad affrontare le tre streghe; dopo una grande battaglia che coinvolge l'intero pianeta, Bloom, grazie al supporto delle sue migliori amiche, riesce a battere le Trix e a riportare la pace nella Dimensione Magica. Ora la fanciulla è intenta a ricercare i genitori biologici, i quali, dopo la lotta con le Tre Streghe Antenate, scomparvero nel nulla.

Una nuova studentessa giunge a Torrenuvola: Selina, una giovane strega proveniente dalla Terra, nonché migliore amica d'infanzia di Bloom, che possiede un misterioso libro chiamato Legendarium, in grado di rendere realtà le creature dei miti e delle leggende scritti all'interno di esso. Le Trix prendono possesso di Torrenuvola, tramutando Griffin in un corvo e alleandosi con Selina; il piano delle tre streghe è quello di impadronirsi dei college della Dimensione Magica, approfittando del libro appartenente all'apprendista strega. A parte Bloom, le Winx, in una battaglia contro Selina e le Trix, perdono i propri poteri magici, che vengono risucchiati dal Legendarium. La protagonista, quindi, dona loro una gemma contenente una piccola parte della Fiamma del Drago, grazie alla quale, dopo aver compiuto un'azione buona e coraggiosa, potranno guadagnare la magia Bloomix. Una fata dopo l'altra, le Winx ottengono il potere magico in questione. Per porre fine al malefico piano di Selina e delle Trix, le Winx cercano un metodo per poter sigillare il Legendarium, scritto nel diario di Eldora, la Fata Madrina. Daphne parte assieme a loro per un avventuroso viaggio attraverso la Terra, passando prima per Alessandria d'Egitto, dove ritrovano il diario di Eldora, poi per la Grande Muraglia Cinese, dove incontrano l'ultimo domatore di draghi, un vecchio amico della Fata Madrina. Le giovani fate, quindi, apprendono che ora Eldora vive a Gardenia, riuscendo così ad incontrarla; quest'ultima rivela alle Winx che, per sigillare per sempre il Legendarium, avranno bisogno della magia Mythix, racchiusa all'interno di bacchette magiche custodite da Nebula, a Tír na nÓg. Le Winx superano la prova che permette loro di impossessarsene, ottenendo così il suddetto potere magico ed entrando nel mondo del Legendarium; qui dovranno cercare degli artefatti magici che occorrono a forgiare la chiave per sigillare il libro magico, Le giovani eroine, accompagnate da Daphne, dagli Specialisti e dai Paladini, partono alla ricerca, prima dello Smeraldo della Fantasia, sull'Isola di Calavera, in Messico, poi della Lancia Argentea, nella Foresta di Fearwood, in Canada, riuscendo nella missione. Eldora forgia finalmente la chiave; Selina, tuttavia, riesce a rubare una piccola parte della Fiamma del Drago di Bloom, con la quale libera Acheron, il pericoloso creatore del Legendarium, all'interno del quale vi era rimasto intrappolato. Lo stregone risucchia la magia di Magix all'interno del libro magico, ma Bloom riesce a sconfiggerlo e a rinchiuderlo nella Scatola dell'Infinito, ripristinando così la magia della Dimensione Magica. Selina, pentitasi degli errori commessi, riesce infine a sigillare il Legendarium per sempre, nel cui interno vi restano intrappolate le Trix. La ragazza rinsalda così il vecchio legame di amicizia con Bloom e ritorna ad essere l'allieva di Eldora come lo era un tempo. Ritornata la pace, Daphne convola a nozze con Thoren.

All'interno del Parco Naturale di Alfea, un misterioso rapace cattura uno scavatalpa, l'ultimo esemplare della specie, praticamente estinta. Ciascun Animale Fatato custodisce un segreto; affinché scoprano quello degli scavatalpa, Faragonda porta le Winx e Roxy nella Sala dei Ricordi, dove ciascuna di loro riceve una Pietra dei Ricordi, grazie alla quale potranno andare nel passato e cercare gli scavatalpa. Le giovani fate giungono così nel passato, ad Alfea, dove incontrano Faragonda, giovane studentessa. Durante l'esame di Metamorfosimbiosi, una studentessa supera la prova trasformandosi nel rapace incontrato in precedenza dalle protagoniste; è Kalshara, la quale si impossessa della Magia Selvaggia per poter ottenere il Potere Ultimo degli Animali Fatati, infondendola, inoltre, al fratello Brafilius, entrambi diventano così dei mutaforma. Le giovani eroine riescono a salvare gli scavatalpa dai nemici e la natura dona alle Winx la magia Butterflix come ricompensa per aver protetto gli Animali Fatati. Dopodiché, le fanciulle ritornano nel presente, dove apprendono il segreto degli scavatalpa: per ottenere il Potere Ultimo, devono cercare l'Animale Fatato con il primo colore dell'universo. Durante la missione, ciascuna fata incontra l'Animale Fatato con il quale instaura il Bonding: Bloom instaura lo speciale legame magico con Elas, Stella con Shiny, Flora con Amarok, Tecna con Flitter, Musa con Critty, Aisha con Squonk. Le creature fatate delle ragazze, in realtà, non sono altri che i custodi del Potere Ultimo, quindi, donano alle Winx un bracciale magico, che attribuisce loro la magia Tynix, con la quale le fate potranno viaggiare tra i Mini Mondi, piccole dimensioni sconosciute. Le Winx apprendono che l'Animale Fatato con il primo colore dell'universo è collegato alla magia fatata; ciò che cercano è la statua di diamante a forma di scavatalpa, posizionata sulla scrivania di Faragonda: essa, infatti, riflette tutti i colori della luce. Le fate entrano all'interno dell'oggetto, nel Mini Mondo Adamantino; dove recuperano il diamante che custodisce il Potere Ultimo. Durante la loro assenza, però, Kalshara s'impossessa del diamante. Brafilius, infastidito dal fatto di essere sempre insultato dalla sorella, ruba il diamante a quest'ultima ed evoca un esercito di Animali Fatati, liberando involontariamente le Trix, siccome ciascuna di loro è connessa con gli Animali Stregati evocati dal mutaforma. Per poter battere le Trix, le quali, dopo aver attraversato la sorgente di Magia Selvaggia del sottosuolo di Magix, si sono trasformate in mutaforma, le Winx accettano l'alleanza proposta da Kalshara. Malgrado ciò, le Trix sembrano avere la meglio, quindi, gli Animali Fatati attuano l'Incantesimo Definitivo, fondendosi nel Cigno dell'Infinito, che assorbe il Potere Ultimo. Le fanciulle utilizzano le Pietre dei Ricordi per intrappolare le tre streghe in un limbo al di fuori del tempo e dello spazio. Kalshara, che aveva ingannato le Winx, resta intrappolata dentro la sorgente di Magia Selvaggia, mentre Brafilius, che era stato tramutato in un cucciolo, resta a vivere nel sottosuolo. Bloom e le compagne, infine, salutano per sempre i propri Animali Fatati.