歌舞伎の大御所、中村鴈治郎はじめ、伊吹吾郎、三田村邦彦ら必殺初出演の顔ぶれを加えて中村主水（藤田まこと）７度目の登場。蔵前の札差し叶屋惣兵衛が闇の仕置にあって以来、厳しい取締りのため江戸の街から仕業人、商売人と呼ばれる殺し屋たちの姿が消えた。殺し屋の元締鹿蔵は、法では裁けぬ悪のはびこる江戸に再び殺し屋グループを組織しようと、八王子千人同心に左遷されていた中村主水に目をつけ、勘定奉行を動かし主水を江戸に呼び戻した。しかし、鹿蔵の必死の説得にも主水は首を縦に振らなかった。そんな主水を突然一人の浪人が襲った。敵持ちの浪人畷左門が、主水を討手と勘違いしたのだ。その左門にも鹿蔵の誘いの手が伸びる。そしてもう一人、今は足を洗った飾り職人秀にも…。

仕事人が解散して3年、江戸に戻った加代、主水と再会、主水も秀も裏稼業から足を洗っていた。加代は「3人で裏稼業の仕事を再開しよう」と持ち掛けるが、2人とも、裏稼業をする気が全く無かった。しかたなく加代は食い扶の為に門付けを始めようと壊れた三味線の張替えを頼みに行き2人の親子に出会う。実はこの2人、闇の裏稼業、仕事人のおりくと勇次であった。おりくはある人物より仕事人であることを強請られていた。主水とおりくは偶然にも互いに裏稼業の仕事人であることを知る。その後、ある人物に強制され、おりくを強請って最終的に飛び降り自殺した女の恨みの言葉を聞いた主水は、裏稼業への復帰を決意する。加代と秀を呼び出し仕置きを再開することを宣言した。そこへ、おりく・勇次が現れ、主水たちに協力を申し出る。1度きりの条件付で手を組んで一味を抹殺したが別の事件をきっかけに、2つの仕事人は1つに統合。新しい仕事人が誕生した。

おなじみの主水ファミリーに、アイドル歌手のひかる一平が受験生・西順之助役で新加入。

｢必殺｣史上唯一、レギュラー陣は前作と同じ。新たに広め屋・玉助(梅津栄)、秀が旅先から連れ帰った少女・お民が加わった

中村主水、加代、西順之助、おりくは、ある一家の恨みを晴らすため下総に赴く。その時、組紐屋の竜と花屋の政も仲間に加わった。それから数カ月後、主水のチームに竜と政が加入。新生仕事人が、裏家業として、悪党共を次々と始末していく。

仕事人組織「闇の会」から、何でも屋の加代が仕事を引き受けてくる。しかし相手が大物の神尾将監と知ると、主水も組紐屋の留、鍛冶屋の政も難色を示す。そんな時、処刑で元締を失い裏家業ができない壱、弐、参の3人が助っ人として使ってほしいと願い出る。

南町奉行所同心の主水は、百軒長屋の出張番屋詰めを命じられる。そこで、長屋の住人たちを食いものにする普請方組頭、高森と口入れ屋、上総屋らの悪業を知る。主水は裏稼業をする銀平、お玉、それに昔なじみの政、順之助らと新たな仕事人チームを結成する。

百軒長屋全焼の責任を負って左遷された主水。銀平と順之助の死後、裏家業は休業状態となり、ある事件をめぐり同業の仕事人から命を狙われてしまう。便利屋から大道芸人となったお玉は主水殺しを依頼され、真相を知ろうと大道芸人の影太郎を連れやってくる。

南町奉行所同心・中村主水は、姑や嫁にいびられまくる婿養子。だが、裏の顔は仕事人と呼ばれる殺し屋だった。主水を筆頭に、かんざし屋の秀、時計師の夢次、首切役の山田朝右衛門、百化けのお歌、大奥に仕える元締めの初瀬ら仕事人が悪の退治に乗り出す。