「こんなに早起きするなんて、まーた好きな男ができたな？」 　超なまいきな妹ぽっぷのツッコミにぐうの音も出ないまま学校へと向かう春風どれみ。魔法に憧れる自称「世界一不幸な美少女」！ 　・・・「結局好きな先輩に告白できなかった・・・魔法が使えれば・・・」しょげかえったどれみがとぼとぼと知らず知らずの内に足を向けたのは、「マキハタヤマリカの魔法堂」という変わったお店。 　そこでどれみは、いかにも魔女、というような格好をしているその店の女主人マジョリカの正体を「もしかして・・・魔女？」と見破ってしまう。するとなんと、マジョリカは奇妙な魔女ガエルの姿になってしまった！ 　魔女ガエルになってしまったマジョリカは、どれみに責任を取ってお前も魔女になれとせまる。魔女ガエルになった魔法使いは、正体を見破った者の魔法でしか元の姿に戻れないのだ。 ・・・ひょんなことから魔女見習いになった3人の少女、どれみ、はづき、あいこ。学校と「MAHO堂」というお店を舞台に、3人が一人前の魔女になるためのマジカルでミラクルな修行の毎日が続く・・・。

終業式の夜。どれみたちは自分達の家を抜け出してMAHO堂に集まった。今夜魔女界へ帰るマジョリカ達を見送るためである。しかし、「別れがつらいので会わずに帰る」という置手紙が残されているだけで、MAHO堂はすでにもぬけのから。しかし、気づくとマジョリカ愛用のドライヤーが落ちていた。。 　マジョリカに忘れ物を届けるという口実で、魔女界に向かったどれみたちは、女王様の庭園に迷い込み、そこで咲き誇るバラにみとれていた。その時突然一輪のバラの花から誕生する赤ちゃんを発見。赤ちゃんを抱きかかえて呆然とするどれみたち。 　聞けば、魔女界では赤ちゃんの誕生を最初に見たものが一年間育ての親となる決まりだという。女王によって新たな使命をたまわったどれみたちは、見習魔女の身分になって新しいポロンとタップをさずかった。 　女王様とともにマジカルステージで赤ちゃんが住みやすい新たなMAHO堂を作りだし、マジョリカたちとも再会したどれみたちは、ガーデニングショップとして生まれ変わったMAHO堂で、一年間赤ちゃんの世話をすることになる。

どれみたちは五年生に、ぽっぷは小学校一年生に進級し、 みんなそれぞれの新しい生活に希望を脹らませています。 でも、時折ふと自分達が魔女見習でなくなったことや、別れたハナちゃんのことが頭をよぎり、しんみりとしてしまうどれみ達でした。 そんな時、魔女界では女王様が元老院たちにある重大な提案を行っていました。ハナちゃんの面倒を一年間見事に見続けたどれみたちの実績を考慮して、どれみたちを魔女にさせようというのでした。しかし、元老院たちの中には「水晶玉を失った者が魔女になる資格を失うのは、昔からのしきたりである」とどれみたちを魔女にすることに反対の意見も強いのです。話し合いの結果反対派の元老が出すテストに合格してゆけばという条件で再びどれみたちは魔女見習にもどることになりました。 女王様に元老院での決定事項を伝えられ、再び魔女見習に 戻れることを知ったどれみたちは大喜び。しかし、元 老 院 テストの内容がお菓子作りであることを聞いて、不安も感じる4人でした。そんなどれみたちに女王様は黄色い見習い服を着た、飛鳥ももこちゃんを紹介する。ももこは アメリカからの帰国子女で、ニューヨークのMAHO堂でお菓子作りをしていた経験があるといいます。新しいメンバ ー加えたどれみたちは、新しくもらったポロンでMAHO 堂 をお菓子屋さんの「スウィートハウス」へと改装しま す。さっそくももこはお菓子作り用の服「パティシエ服」に着 替えてお菓子を作って見せる。ももこの作ったキャンディーを食べたどれみたちは、新たな試験に向けてやる気 マ ン マン。しかし、新学期で登校したどれみに予想できな か っ た事件が起こります。クラス替えで、はづき、あいこ、おんぷの三人と別々のクラスになってしまったのです。 落ち込むどれみの前に関先生が転校生を連れてやってきま す。 なんと、その転校生は飛鳥ももこちゃんでした。一転してハッピーな気分になるどれみ。しかし、ももこは日本語がしゃべれない。昨日はしゃべっていたのに・・・。こうしてどれみの五年生生活が始まるのでした。

ついに、魔女にしてもらうことを女王様と約束したどれみたちは、毎日魔女界からの知らせを首を長くして待ていた。しかし、魔女界からは何の連絡もないまま、新学期を迎えてしまう。始業式の朝、どれみたちが学校に行くと、金色の髪をしたかわいい女の子がどれみたちを待っていた。女の子は、どれみのことを知っているようだが、どれみは女の子に見覚えがない。ここで首をかしげるおジャ魔女どれみに、女の子はとんでもないことを言った。「わからないの？どれみ。ハナちゃんだよ」「えええええええぇぇっ！？」なんとハナちゃんは、自分の魔法で自分をどれみたちと同じ6年生にしてしまったのだという。しかも、そのために魔法を使いすぎて魔女の運命である水晶玉を割ってしまい、魔女でなくなってしまったのだ！人間界の常識なんかかけらもないハナちゃんを新たに加えたどれみたちの学校生活。いったいどうなってしまうのやら……。

美空小学校の1学期も今日で終わり。どれみは通信簿をドキドキしながら開きます。成績が上がっていれば、夕食は大好物のステーキ！　でも…ステーキさん、さようなら…。ガックリしたところを小竹にからかわれて、いつものように大ゲンカ。その小竹たちは、ないしょの冒険旅行を計画しているみたいです。男の子ってバカみたい。自転車に乗って富士山にのぼるなんて、ぜったいムリにきまってるよ。 腹の虫がおさまらないどれみも、計画のことは気になるようで、魔女見習いに変身してこっそりついていくのですが…。一夏の冒険に、甘酸っぱい初恋の想い出。大切な人の涙と絆、愉快な日々と出会いと別れ…。おジャ魔女たちのナイショの物語が始まります。