영웅과 세라, 키라얀이 그란데본에게 패배한 후, 일주일 사이에 세상은 대혼돈의 시간을 겪는다. 빈이 지구를 지배하고 블랙코마가 메카드볼을 가져가면서 지구에는 천재지변이 끊이지 않는다. 계속된 반격에도 빈과 그란데본에게 패배하자 영웅과 친구들은 전의를 상실하고 마는데……. 그란데본을 연구하던 한 박사가 다른 합체 메카니멀이 존재한다는 사실을 알아내자, 영웅과 키라얀은 합체 메카니멀의 단서를 찾아 블랙홀 행성으로 떠난다. 그곳을 수색하던 중, 영웅과 키라얀은 수수께끼의 지하 도시인들의 공격을 받는데, 그들은 영웅의 지구를 네오 지구라고 부른다. 이어서 밝혀지는 영웅의 지구와 블랙홀 행성과의 관계. 지하 도시인들은 영웅, 키라얀과 오해를 풀고 새로운 합체 메카니멀인 ‘스피어헤드’와 ‘크란츠’를 찾도록 도와준다. 한편, 블랙코마가 지구에서 가져온 메카드볼을 이용해, 블랙홀 행성의 세터 이오도 합체 메카니멀 ‘팔로노이드’를 깨운다. 이제 영웅과 세라, 키라얀 그리고 빈과 이오가 두 행성의 운명을 두고 최후의 합체 메카니멀 대전을 펼친다!