Shadowverse Flame bevat een nieuwe hoofdrolspeler Light Tenryu en het verhaal speelt zich af in Shadovar College, een faciliteit waar professionele spelers van het Shadowverse-spel worden opgeleid. Tenryu Light, een transferstudent, besluit zich aan te sluiten bij 'Seventh Flame', een van de zeven Shadovar-clubs. Seventh Flame staat echter op het punt te sluiten vanwege een gebrek aan leden! Om de ondergang van de club te voorkomen, besluit Light op zoek te gaan naar nieuwe leden. Maar wat hem te wachten staat zijn krachtige rivalen die een grote verscheidenheid aan kaarten beheersen...