In de eerste reeks staat misdaadorganisatie Scylla centraal. Scylla bestaat uit diverse divisies, waaronder een drugs-, wapen- en kunstdivisie. Deze divisies worden gerund door Gerard Ruysdael en Johan Faber. Vlak na de opkomst van Scylla worden, toevalligerwijs, door de Nederlandse politie allerlei units opgericht. Unit 13 wordt op de zaak 'Scylla' gezet. Het team, onder leiding van officier van justitie Adriënne Rieding, bestaat uit hoofdinspecteur Ruard Talsma, Ben Govers, Rebecca de Leeuw, Roberto Amati, Harry Bresler en analist Arthur Toorop, genaamd Kinky. Gedurende het onderzoek wordt de man van Adriënne, Paul Rieding, vermoord en ontsnapt hun dochter maar net aan een moordpoging. De unit-leden weten steeds meer mensen op te pakken en komen steeds dichter bij de top van Scylla. Bij de arrestatie van de kopstukken wordt Faber dodelijk getroffen door een politiekogel en ook Charon, de 'bedrijfsleider' en liquidateur van Scylla, wordt, niet dodelijk, getroffen door een kogel. Ruysdael doorstaat de confrontatie zonder bloedverlies, wordt ingerekend en hem wacht een proces. Eén vraag wordt niet beantwoord: Scylla was gedurende het hele onderzoek stap voor stap op de hoogte van de vorderingen die de zwaar beveiligde unit maakte. Wie was dit lek?

Het lek wordt ontdekt. Het blijkt te gaan om topambtenaar Frederik Swager, die kort na deze ontmaskering wordt vermoord en waarbij dit perfect als zelfmoord wordt voorgesteld. Het proces tegen de overgebleven Scylla-topmensen gaat van start, maar loopt niet volgens plan. Suurbier, een uitvoerende kracht van Scylla en onder andere de moordenaar van Paul Rieding, verklaart tegenover de rechter dat de doodgeschoten Johan Faber het grote brein achter de organisatie was en dat de rol van Gerard Ruysdael veel kleiner was dan iedereen dacht. Het officiële bewijs tegen Ruysdael wordt hierdoor wel erg mager. De unit weet dat Suurbier's verklaring niet klopt en zoekt koortsachtig naar nieuwe getuigen. Vreemd genoeg worden de rechercheurs op alle fronten tegengewerkt. Als er eindelijk een sterke kroongetuige wordt gevonden tegen Ruysdael wordt er een aanslag gepleegd op het politiebureau waar de unit onderdak heeft. Daarbij komen twee mensen om, onder wie de kroongetuige. Ruysdael wordt vrijgesproken en na een verdachte banktransactie vermoord. Dan wordt duidelijk dat er sprake moet zijn van een nog veel grotere organisatie, naast of zelfs boven Scylla. Speurwerk brengt de unit op het spoor van Phoenix, een organisatie die zich onder mee bezighoudt met de smokkel van uranium. Ruysdael bezat waardevolle papieren die deze smokkel mogelijk moest maken. Ook komt er een merkwaardige deal aan het licht tussen Scylla, Phoenix en drie topmensen van justitie. De uraniumsmokkel wordt opgelost, maar er is onvoldoende bewijs om de top van Phoenix achter de tralies te krijgen. De mensen achter Phoenix, Jacques Koops, Irina Breitner en bankier Jeremy Cornwell, blijken belangen te hebben in zo'n zestig bedrijven en instanties, zowel onder- als bovengronds. Dan wordt van hogerhand besloten dat de unit het onderzoek moet staken. Seizoen 2 loopt van september 1997 tot en met december en telt 13 afleveringen.

De nieuwe procureur-generaal Margot Sterk wil de unit opheffen, maar hoofdofficier van justitie Bilderdijk weet dit te voorkomen. Als alternatief moet unit 13 zich gaan bezighouden met de beursfraude o.a. rechercheren bij effectenkantoor Leenmans & Venhuis. Niet geheel toevallig is één van de grote klanten van dit effectenhuis het biochemiebedrijf Medigen, eigendom van Koops, Breitner en Cornwell. Tegelijkertijd wordt de unit in het hart geraakt als collega Harry Bresler op onverklaarbare wijze komt te overlijden, nadat hij zelfstandig onderzoek had gedaan naar een verdachte grondspeculatie van een economisch interessant bouwterrein in de gemeente Haarlemmermeer. Tijdens het onderzoek naar zijn dood komen er zaken aan het licht die de unit voorgoed op een andere manier naar Nederland laat kijken. Een heel grote organisatie, waar ook Cornwell deel van uit blijkt te maken, probeert via een sluipend proces vat te krijgen op de gehele Nederlandse economie. Via allerlei stromannen en tussenpersonen slaagt de organisatie erin grote trajecten binnen die economie in handen te krijgen, om zo uiteindelijk de totale macht te bereiken. Dit misdaadsyndicaat blijkt zo sterk te zijn ingenesteld in de samenleving, dat het al haast onmogelijk is er nog vat op te krijgen. Als ook de laatste strohalm, Karel Prinsen, zwijgt als het graf, loopt het onderzoek dood. Ruard en Adriënne besluiten het allerlaatste te doen dat hen nog rest: ze stappen met het hele verhaal naar een journalist. Daarmee is het werk van unit 13 definitief afgerond.