No dia 10 de agosto do ano de 2010 o Sacro Império de Britannia começou uma campanha de conquista, o seu olhar fixo no Japão. Operações foram concluídas em um mês, graças à implantação de novos veículos blindados humanóides móveis apelidado Frames Knightmare da Britannia. Direitos e identidade do Japão foram arrancadas, a nação outrora orgulhosa agora conhecida como Área 11. Seus cidadãos, onzes, são forçados a ganhar a vida, enquanto a aristocracia Britannian vive confortavelmente dentro dos seus assentamentos. Bolsões de resistência aparecem ao longo da área 11, que trabalha para a independência para o Japão. Lelouch, um exilado Príncipe Imperial da Britannia posando como uma estudante, encontra-se no coração do conflito em curso para a ilha. Através de um encontro casual com uma misteriosa garota chamada CC, Lelouch ganha seu Geass, o poder do rei. Agora, dotado de domínio absoluto sobre qualquer pessoa, Lelouch pode finalmente realizar seu objetivo de derrubar Britannia de dentro!

Um ano após o fracasso da rebelião planejada por Zero, a Área 11 está sobre forte vigilância do Império Britânico. Enquanto isso, Lelouch vive o que aparenta ser uma vida normal com seu irmão Rollo sem lembrar de seu passado como Zero. Logo, Lelouch se encontra com C.C. o que o faz recuperar sua memória como Zero e, assim, começar a tramar sua nova rebelião.