故事发生在位于海德星系的马汀行星之上，在这里，人类建造了大型宇宙殖民地，过着平静幸福的生活。然而，一场意料之外的爆炸令亚维人类帝国舰队找到了入侵的途径，他们占领了殖民地，成为了这里的统治者。 洛克是马汀政府的主席，为了保一己之身，他不惜出卖同胞，换来了在新帝国之中的位高权重，成为了海德伯爵。一晃眼就是七年过去，杰特是洛克的儿子，为了继承父亲的爵位，他来到了帝都，进入学校接收星界军的翔士教育，途中，杰特结识了名为拉斐尔的女子，两人结为了好友。没过多久，人类统合体舰队发动了起义，四国联起手来，要夺回他们被占领的土地。

在遥远的未来，人类在整个银河系打开了翅膀！在银河系中建立了五个星间国家。但其中有一种族根据宇宙环境而改变遗传因子，使他们的身体最合适在宇宙生活。他们叫做“亚布”及其建立的星间国家“亚布人类帝国”在宇宙中出现了。 其他的国家以“人类统合体”为中心联合了其他国家想挽回劣势并开始计划。地上世界同时也被“亚布人类帝国”星各界军队侵略。而3年的修技馆生活结束，主计列翼翔士，地上世界出身的“亚布”贵族津特，以书记身分被分配到突击舰巴斯罗伊鲁号。那个突击舰巴斯罗伊鲁号的舰长正是十翔长拉菲尔，与她再次相见！ 三年前，津特、拉菲尔他们一同战斗！另外，修技馆时代，认识了不爱说话的亚布少女艾克琉亚、亚布人索芭修、少数地上界出身的萨姆森，再次在突击舰巴斯罗伊鲁号见面！在出击命令下，他们前往战场“亚布迪克”，而敌军是“人类统合体”，“亚布迪克”守备舰队以相差12对150的战斗力下迎击“人类统合体”的进攻！

帝国军经亚布迪克门冲战一役，歼灭了统合体军的主要战力，幻炎作战更替为打扫残敌和开辟领土的狩人作战，拉菲尔和津特，因为贵族的身份，被派到某颗行星上暂代领主一职，而这颗行星竟是统合体用作监狱之用，上面的监狱管理人员和囚犯门派林立，危机看似一触即发... 本片是《星界的纹章》续作，剧情取自小说《星界的战旗》第一部和第二部。 这段剧情是现今全部星界小说的高潮部分，大量的舰队空间战充斥其间！男女主人公的感情也越发清晰。其他次要人物也各有相当的发挥，可谓精彩纷呈、好戏不断！ [世界背景] 在距今遥远的未来，人类的足迹已经遍及数不尽的星系。这些庞大繁杂的星系，绝大多数隶属于两大阵营：亚布的人类帝国、人类统合体。亚布帝国在国力与星系规模上凌驾于统合体。他们的扩张并非为了土地！而是为了拥有广阔星际空间的控制权。他们称自己为：星界的眷族。 　　亚布人有着不同于普通人类的外表和社会生活习惯：蓝色的头发、不分男女皆有的美丽容貌、二百多年的寿命、轻盈且适合宇宙生活的体态、松散的家庭关系等等，而那些被他们征服的星系，其下一代也会因为基因的操作，而逐渐被同化为真正的亚布人。 这个种族的起源是因为“原古”时期，刚刚脱离地球圈的人类为了向外太空探索，改造了人类基因，诞生出适应太空生活的人类。至于亚布究竟是如何拜托控制，一步步成为跨越数个星系的大帝国，就是后话了